Pemerintah-pemerintah Islam terdahulu dahulu, khususnya pengasas Mughal, Babur, membenarkan kebebasan untuk beragama kepada orang Hindu dan agama-agama yang lain. Manakala Akbar pula mempunyai polisi yang menggalakkkan orang-orang daripada agama lain untuk menyertai kerajaannya. Pada satu ketika beliau telah memujuk Kacchwaha Rajput, pemerintah Ambar untuk menyertai perikatannya; dengan mengambil puteri kepada Raja Amber, Hira Kunwari, untuk dijadikan sebagai permaisurinya. Dia mengambil nama Mariam-uz-Zamani dan melahirkan Putera Salim, yang kemudiannya akan menjadi Maharaja Mughal Jahangir. Sementara pemerintah-pemerintah Islam yang lain mengambil isteri mereka daripada orang Hindu, beliaulah orang pertama yang membenarkan isterinya mengamalkan agama mereka, bukan sahaja tanpa halangan, malahan menyediakan segala keperluan yang dimahukan untuk agama mereka. Semasa pemerintahannya, lebih banyak orang Hindu telah diambil bekerja di dalam Pentadbiran Awam, berbanding maharaja Moghul ataupun pemerintah India yang terdahulu.

Pemerintah-pemerintah Rajput yang lain turut mengahwini puteri beliau, cuma dua puak Rajput yang kekal menentang beliau, Sisodiyas di Mewar dan Hadas(Chauhans) di Ranthambore. Rajput adalah pahlawan Hindu yang terkenal, hinggakan askar lain seperti orang Afghan mengambil candu untuk menghilangkan ketakutan ketika bertempur. Kemasukan mereka dalam perikatan menmbantu Akbar mengekalkan kuasanya, kerana Askar Rajput akan berkhidmat kepada mereka hinggalah 100 tahun yang akan datang.

Akhirnya Raja Man Singh dari Amber bersama-sama dengan Akbar menemui pemimpin Hada, Surjan Hada, untuk membuat satu persekutuan. Surjan dengan tidak rela, terpaksa menerima persetujuan itu dengan syarat Akbar tidak berkahwin dengan mana-mana anaknya. Surjan kemudiannya memindahkan kediamannya ke Banaras.

Akbar pernah mengatakan "Seorang raja seharusnya mempunyai niat untuk membuat penaklukan, jangan sampai jiran-jirannya mengangkat senjata menentangnya." Beliau terus meluaskan wilayahnya dengan menawan Malwa (1562), Gujarat (1572), Benggala (1574), Kabul (1581), Kashmir (1586), dan Kandesh (1601) dan lain-lain. Akbar meletakkan seorang gabenor di setiap wilayah yang ditakluk, untuk memerintah di bawah kuasanya.

Akbar tidak mahu istana terletak terlalu dekat dengan Bandar Delhi. Beliau mengarahkan istananya dipindahkan ke Fatehpur Sikri, berdekatan dengan Agra. Namun apabila kawasan itu dibuktikan tidak dapat dipertahankan, beliau telah membangunkan sebuah kem untuk mengawalselia terhadap apa yang berlaku di seluruh empayarnya. Beliau mencuba untuk membangun dan menggalakkan perniagaan. Beliau juga telah menilai sesuatu kawasan supaya dapat dikenakan cukai dengan tepat, di samping menegah pemerasan oleh pemungut-pemungut cukai.